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| ▶ 京都篇： 28 ~ 62 幕 |
| 第二十八幕 | 另一段血戰的序曲‧狼影的威脅！ |
| 幕府末期京都新撰組的高手齊藤一，在明治初年出現在東京了，現在他是警政署的警官，卻也以暗殺為副業。劍心在京都時曾經幾次和他交手，但都未分出勝負，可見他的武功與劍心在伯仲之間。而這次，齊藤被小人以重酬雇來來殺死劍心，因為對手是劍心，他也樂意接下這份差事。然而當他第一天去神谷道場找劍心時，恰巧劍心等人全出去了，只有一個來吃白飯的左之助坐在門口。左之助看出齊藤有異，兩言不和就打起來了，卻被齊藤打成重傷。事後劍心看了左之助的傷勢，知道是齊藤幹的，覺得十分不安，他懷疑自己如果堅持不開殺戒，是否能敵得過齊藤…。 |
| 第二十九幕 | 史上最強宿敵！無情之牙的來襲 |
| 劍心的宿敵新撰組的第一殺手齊藤一，在十年後終於又找上劍心了。他看到現在的劍心已經不再殺人，以往的殺人劍只用來保護身邊的人，使得他十分焦慮憤怒，決定逼劍心一比高下，趁劍心在對付赤木的時候，以警官的身分進駐道場等待劍心回來。劍心解決赤木回來後，看見化名藤田五郎的齊藤一正坐大廳裡，馬上警覺到事情不妙。然而劍心眼見這場打鬥是無法避免，便叫好友們讓開與齊藤對打，然而在第一回，劍心的飛天御劍流龍槌閃居然敗在齊藤的「對空牙突」之下，並且受了傷…。 |
| 第三十幕 | 復仇的惡鬼‧志志雄真實的謀略 |
| 齊藤一和緋村劍心在十年後終於又對上了。然而這十年來劍心已經成為一個不殺人的浪人，劍法也不若以前俐落，所以跟齊藤過招時，總是處於下風，還因此身受重傷。然而拔刀齋終歸是拔刀齋，劍心在為了保護好友的情況下，終於被迫激出原本的殺手本能，出劍毫不留情，劍劍直逼對方要害，使得齊藤也沒有佔上風，一樣受了重傷。就在最後一回合決定勝負時，內務大臣大久保趕到了，即使阻止了這一場無謂的爭鬥，因為齊藤是被大久保派來探測劍心現在的實力，準備請劍心走一趟京都，殺掉惡魔志志雄真實。劍心在知道真相後十分猶豫，然而週遭的好友都不讓劍心去京都。無奈之下，大久保只得請劍心仔細考慮，下次再來聽他的回覆。 |
| 第三十一幕 | 將感情藏在心裡...劍心再度踏上旅程！ |
| 終於到了該給大久保大臣回覆的日子了。這一天劍心的好友們個個都非常緊張，深怕劍心會決定離開他們到京都去，小惠甚至準備了鎖鏈想把劍心綁起來，真的綁不住的時候還準備灌他迷幻藥。然而劍心依然出門去找大久保了。不料大久保在前往開會的途中，遭到了志志雄手下的暗殺，當場不治死亡。消息傳來全國十分震驚，民眾甚至開始恐慌起來，深怕政局會再度混亂，內戰會再度發生。然而考慮到日本的未來，大久保的死使得劍心更下定決心走一趟京都，以剷除惡梟志志雄真實。劍心終於告別了神谷道場的夥伴們，以及最捨不得的小薰。 |
| 第三十二幕 | 化淚水為勇氣！神谷薰選擇的道路 |
| 劍心不告而別，獨自前往京都，只對小薰當面說了再見。劍心走後，小薰像失了魂般的茶不思飯不想，整日以淚洗面，連牛肉火鍋店的阿妙和小燕帶吃的來探望她，都還要受她的氣，後來經過小惠和彌彥的開導，小薰終於化眼淚為勇氣，準備前往京都尋找劍心。令一方面，左之助氣劍心的不告而別，其實是擔心劍心在京都可能需要幫忙，於是向好友月岡克浩借了盤纏，也隨後往京都前去。唯有身為醫生的小惠，因為有許多病患需要她照顧，只好忍淚留在東京，耐心等待劍心的歸來。 |
| 第三十三幕 | 絕對要拿到最強稱號！蒼紫新的戰鬥 |
| 小薰和彌彥終於啟程前往京都了，好友們都到河邊送他們，希望他們早日把劍心勸回來。而提早出發的左之助，一邊趕路一邊練武功，把自己弄得心急如焚，最後還在山裡迷路了，不知道京都到底在何方。另外復出的御庭番眾頭目四乃森倉紫，又找上了神谷道場，準備找劍心一決勝負摘下最強的頭銜，誰知劍心已經在京都的路上，被在虎視眈眈的志志雄手下盯上了，先派人試探他的實力，然後準備收買他為志志雄賣命。一代豪傑倉紫原本不屑跟志志雄掛鉤，可是想到死去的夥伴們，也準備走一趟京都和志志雄聯手除掉劍心。 |
| 第三十四幕 | 攔路打劫的少女‧卷町操的真正身分！ |
| 劍心在京都的路上，遇見一位用美色沿路打劫的少女卷田操，雖然小操打劫的對象是盜匪，依然被劍心給勸阻，將劫來的銀兩原封送還失主，並且幫小操打退了那幫盜匪。小操也在回京都的路上，正好可以和劍心同行，但是劍心深知此趟京都之旅，隨時都可能遭人襲擊，拼命的想擺脫小操的跟隨，偏偏小操和御庭番眾有一段淵源，得知道劍心曾與他們交過手，苦苦追問御庭番眾的下落，劍心遲遲不肯回答，不死心的小操於是更跟定了他。劍心無奈之下只好答應她的跟隨，只要她假裝不認識劍心，以免惹禍上身。 |
| 第三十五幕 | 遭佔領的村子‧志志雄的魔手展開殺戮！ |
| 劍心和少女小操一路往京都前進，沿途上小操不斷設計想套劍心說出蒼紫和御庭番眾的事，奈何劍心守口如瓶硬是不肯說。接著兩人來到了一個村外，發現村民三島榮一郎渾身是血奄奄一息，手裡還抱著弟弟榮次，由榮一郎的口中獲知，整個村子已經被志志雄的手下所佔據，而政府已經棄守這個村子，成了志志雄的領土，村民要是想脫逃就會被殺死，而志志雄現在也在村裡。劍心幫榮次埋葬家人的屍體後，和隨後趕到齊藤一起前去找志志雄，而志志雄聽到風聲，也已經有所準備。 |
| 第三十六幕 | 幕末過後‧志志雄與劍心兩雄對峙！ |
| 志志雄真實終於讓劍心和齊藤給找上了，並且說出他想稱霸天下的志向，卻無法得到劍心二人的支持，於是一場決鬥在所難免。志志雄為了看清劍心招數，首先派出尖角來對付他，尖角是個大塊頭的人，力大無窮而且速度也十分神速。當劍心看出志志雄的伎倆後，故意不肯出招，只一味快速的跑給尖角追，跟他玩捉迷藏的遊戲，後來尖角巨大的身體終於承受不了快速移動時，一轉身變把自的腳扭斷了。志志雄看了十分生氣，放話要把尖角殺掉，劍心不忍，終於使出飛天御劍流龍翔閃，將尖角打傷在地，卻也救了他一條命。 |
| 第三十七幕 | 衝擊！天劍宗次郎對上劍心‧逆刃刀斷了！ |
| 劍心打敗尖角後，志志雄繼而派出宗次郎挑戰劍心，而宗次郎也是用劍高手，人稱「天劍」宗次郎，也就是他暗殺了身手不凡大久保利通。可是外表稚氣純真的樣子，甚至與人過招時也也沒有半點殺氣，使得劍心完全摸不透他，只得先發制人採取主動攻擊。然而兩人的決鬥就在拔刀的瞬間...。 |
| 第三十八幕 | 左之助修練絕招‧向破戒僧安慈挑戰！ |
| 迷路的左之助走著走著在山裡遇見了一位修行僧，這位修行僧自稱「破戒僧」名叫悠久山安慈在山裡苦修十年，創出了一種致命的拳法「雙重的極致」。左之助對這個絕招十分著迷，懇求安慈一定要傳授他。安慈於是把道理說給他聽，並且要他在一個月之內練成，否則就要將他打死。自信的左之助揚言要在一星期內練成，不料此拳法果然困難，左之助歷經辛苦，夢中遇見相樂隊長，突然悟出拳法的訣竅，練成「雙重的極致」，才繼續趕往京都，尋找劍心。 |
| 第三十九幕 | 逆刃刀打造者新井赤空留下的最後一把刀！ |
| 劍心終於來到京都，落腳在小操家，小操家是一家高級餐館，名叫葵屋料亭。而小操的爺爺翁老也是御庭番眾出身，在幕末時期出任京都的密探頭子，翁老不願見京都被志志雄一幫人毀掉，決心助劍心一臂之力。首先找到了打造逆刃刀的刀匠新井赤空的兒子青空，拜託青空重新打造一把逆刃。然而，青空不願再製造殺人刀器，劍心亦不忍強人所難。不過赤空死後尚留下一把刀，消息被志志雄手下「獵刀張」知道後，擄走青空稚子為脅，準備強奪那把名匠之刀。 |
| 第四十幕 | 可怕而無情的刺客！與十本刀‧張的死鬥 |
| 劍心為了救青空之子伊織，不惜帶著他的斷劍前往神社找獵刀張要人，當獵刀張知道他就是千人斬拔刀齋時，明明知道劍心的逆刃刀已經斷了，依然苦苦相逼想要跟劍心一決勝負。劍心只得用刀鞘和拳法對付他，當然不是獵刀張的對手，後來當獵刀張要傷及伊織時，父親趕緊前往神社取出另一把逆刃刀「真打」，這也是斥空留下來的最後一把刀，青空將他送給劍心，終於制服了獵刀張。劍心不願再連累任何人，也離開了小操家，然而小操隨後追去，卻在大街上遇見了小薰和彌彥…。 |
| 第四十一幕 | 飛天御劍流奧義！重逢師傅比谷清十郎 |
| 闊別師父十五年，劍心終於又見到了教他飛天御劍流的師父﹣比古清十郎。清十郎是唯一全部習得飛天御劍流的人，也是現階段飛天御劍流的繼承人。十五年前幕末亂世，劍心不忍看著人們受戰亂之苦，在最後的精髓尚未練成前便下山去救助人們；十五年後為了對付志志雄真實，再度回師門求教。小薰和彌彥亦來到山上，見到了劍心，再度重逢，劍心憂喜參半，擔心二人之安危。 |
| 第四十二幕 | 成立同盟‧蒼紫與志志雄攜手合作！ |
| 御庭番眾的大頭目四乃森蒼紫，終於跟志志雄會面了。蒼紫為了替死去的夥伴們冠上最強的頭銜，不惜投靠志志雄，出賣京都分部葵屋的人讓志志雄的手下去襲擊翁老等人，只為取得劍心的下落。襲擊雖然沒有成功，卻把翁老給惹火了，決定親自出馬收拾蒼紫這個叛徒。小操得知後，火速前往阻止，卻只見翁老奄奄一息，小操大受刺激，決定斷絕情念，自立為御庭番眾新頭目，打算與劍心聯手除掉志志雄及蒼紫等人。 |
| 第四十三幕 | 在生死之間，領悟奧義‧天翔龍閃！ |
| 劍心為了對付志志雄那幫人回去找師父比古清十郎，要求授予「飛天御劍流」的精髓。經過幾天的過招試煉，清十郎終於答應把精髓傳授給他。首先清十郎教他飛天御劍流的九頭龍閃，聰穎的劍心一學就學會了，但是因為腕力跟體重的關係，同樣是九頭龍閃卻敗在清十郎的劍下。 |
| 第四十四幕 | 怒濤般的決鬥‧最強集團十本刀集結！ |
| 劍心習得飛天御劍流的精髓天翔龍閃，卻將師父比古清十郎殺成重傷，劍心急忙找出以前師父為他療傷的藥方替師父療傷，卻不知是否能救回師父性命。第二天，清十郎終於醒來了，而且看起來並無大礙，原因並不在藥方，而在劍心使用的逆刃刀真打，由於赤空的精心設計，使得這把刀在使用時會削弱用劍者的力道，才挽回清十郎的性命，劍心告別師父下山欲剷除志志雄等人。而志志雄這方面也集結了十本刀的九位高手，準備放火燒掉京都，也燒掉以前殘害他的維新志士。 |
| 第四十五幕 | 十萬火急‧阻止戰艦煉獄出航！ |
| 劍心終於跟齊藤、左之助會合，和警方合作開始展開圍剿志志雄的行動。首先他們探出志志雄打算在夜裡放火燒掉京都，於是聯絡御庭番眾的新頭目小操，立即飛鴿傳書通知散佈在全京都的御庭番眾，和民眾聯手防範火災的發生，終於阻止了京都大火。另一方面，志志雄帶著手下親信，搭乘「煉獄號」軍艦準備開往東京，砲擊東京，這個計畫也被劍心識破，眾人立刻趕到港邊阻止志志雄出航，然而煉獄號的火力實在太強了…。 |
| 第四十六幕 | 煉獄著火！志志雄真實的命運 |
| 志志雄展現他巨資建造的鐵甲戰艦「煉獄號」，準備用艦上的砲火轟死劍心他們，然而此時，左之助拼死將克浩送給他的炸彈丟進艦上，炸毀了爐鍋室，引爆了彈藥庫，船也開始下沈了。由於志志雄的輕敵，使他火燒京都和砲擊東京的計畫雙雙失敗。臨走前，志志雄約劍心等人在比叡山大本營一決勝負，劍心也接受了，然而這一次劍心不再死鬥，他答應小薰要活著跟大家一起回東京。 |
| 第四十七幕 | 激鬥！雙重之極限‧左之助的拳頭發威！ |
| 劍心一行三人終於來到志志雄的大本營，打算十本刀一決勝負。志志雄採納方治的建言，留下盲劍宇水，明王安慈及天劍宗次郎三名高手出面迎戰，剩下的六名十本刀則派往葵屋趕盡殺絕。劍心等人到了之後，由志志雄的親信由美出面迎接，決鬥方式採一對一，其餘的人只能觀戰不能插手，然而劍心下了一個但書，他只答應決鬥但不允許有互相慘殺的情況出現，否則他必定出手干與。第一戰由左之助出戰安慈，兩人的絕招都是「雙重的極致」，然而左之助師承安慈，力道自然不能跟安慈相比，最後左之助憑他的聰明膽識，終於把安慈打倒在地，不料安慈卻又站了起來…。 |
| 第四十八幕 | 重生、拾回救世理念‧安慈的再出發 |
| 左之助對安慈，「雙重的極致」的決鬥。兩個人都打到遍體鱗傷，卻依然沒有人肯認輸倒下去，後來安慈到出了他為什麼成為不動明王的悲慘過去，左之助聽了十分痛心，因為這跟他十年前的遭遇十分類似，若不是遇見了劍心，他現在可能也跟安慈一樣，變成一個醜陋仇恨的極端份子。左之助於是勸安慈想想那些死去的孩子們，安慈突然恍然大悟知道自己作錯事，結束了這場打鬥，並且告訴劍心等人，其餘的十本刀已經前去殺害葵屋的人，劍心雖然擔心，卻也決定儘快把比鬥結束。下一個要面對敵手是劍術超群的盲劍宇水…。 |
| 第四十九幕 | 以心眼掌握一切的狼‧牙突零式炸裂！ |
| 劍心等三人出戰十本刀，第一戰左之助贏了安慈和尚，並且喚醒了安慈原本的慈悲之心。第二戰十本刀派出的高手是盲劍宇水，由齊藤出戰，而劍心跟左之助趕去第三個人。宇水和齊藤之戰，起初齊藤居於下風，連被宇水刺中兩劍，後來齊藤使出牙突絕招，終於一劍奪下宇水的性命。另一方面，其他的十本刀趁劍心不在時，帶著一百五十名士兵襲擊葵屋，因為翁老受傷未癒不能親自迎戰，於是坐鎮屋內指揮，派小操與御庭番眾的人及小薰彌彥出去迎戰，展開一場敵眾我寡之戰。而劍心與左之助趕往第三戰時，在走廊上發現某個房間有異，而四乃森蒼紫就在房內…。 |
| 第五十幕 | 是實踐約定的時候了‧蒼紫與劍心之在戰！ |
| 劍心和左之助在前往第三戰的途中發現了四乃森蒼紫，劍心曾答應小操要把蒼紫帶回去，之前也答應蒼紫要跟他再度一決勝負，為了履行承諾，劍心毫不猶豫的退門而進，於是劍心跟蒼紫的再戰便正式展開了。蒼紫的劍法比以前精進很多，而劍心自然也不在話下，最後劍心打贏了蒼紫，並且為蒼紫解開他心中的迷思，希望他為了死去的同志勇敢的活下去，不能因為喪失活的勇氣，就拿死者當藉口揮動兇刀殺人。蒼紫聽了劍心這番話後突然恍然大悟，想起了為他壯烈成仁的同志們…。蒼紫是否為因此放下屠刀呢？ |
| 第五十一幕 | 覺醒的一刻‧傷痕累累的了結！ |
| 劍心喚醒蒼紫心底真正的感情後，蒼紫起初覺得有點惱羞成怒，頻頻對劍心出手，然而劍心毫不還手，等到蒼紫不再是修羅，變回以前江戶城御庭番眾的大頭目後，劍心終於履行承諾與蒼紫決一勝負，在危急之際施展飛天御劍流的精髓天翔龍閃，由於劍心的天翔龍閃已經練到可以收空自如的境界，所以沒有將蒼紫殺死，只將他打倒在地全身無法動彈。蒼紫敗得心服口服，也決定回去葵屋跟同志們道歉。然而此時，另外的十本刀已對葵屋發動攻 擊，翁老帶領大家群起應敵，但似乎不是十本刀的對手…。 |
| 第五十二幕 | 喚起奇蹟吧！葵屋攻防戰 |
| 劍心施展飛天御劍流的精髓天翔龍閃制伏了四乃森蒼紫，隨後立即趕往第三戰。然而就在此時，葵屋已經一片戰火，首先是四個御庭番眾被大肉球夷腕坊給制伏，接著彌彥出戰蝙也，蝙也身著蝙蝠裝藉著炸彈爆炸的爆風飛上半空中，在由半空中丟擲炸彈炸人，彌彥被逼得走投無路，最後以門板當翅膀躍上比蝙也更高之處，學劍心的龍槌閃一劍將他擊斃。隨後小薰跟小操出戰人妖鎌足，兩人合作無間最後終於贏了鎌足，兩個十本刀倒地後賊兵們也落荒而逃，葵屋以為已經贏了，然而就在此時，十本刀的才槌老人跟不二卻出現了…。 |
| 第五十三幕 | 巨人對超人‧射入絕望深淵的一箭！ |
| 葵屋等人聯手擊退十本刀的蝙也、鎌足之後，夷腕坊見情勢不對也逃之夭夭，以為已經沒事了，卻出現了十本刀的破軍兩人組才槌老人與不二。然而此時葵屋等人已經戰得精疲力盡滿身創痍，眼看只有不戰而降之際，劍心的師父比古清十郎適時趕到，與不二展開一場超人對巨人之戰，最後比古清十郎以飛天御劍流的九頭龍閃擊敗不二巨人，救了葵屋等人也完成了劍心的托付。另一方面，在志志雄巢穴的劍心正準備迎戰天劍宗次郎…。 |
| 第五十四幕 | 飛天對縮地‧宗次郎天賦的能力 |
| 劍心跟宗次郎終於交手了。宗次郎是個在"喜怒哀樂"的情感中，只有"樂"的情感的人，永遠都是心平氣和笑咪咪的，沒有人猜得出他的心思，所以劍心在與他過招的時候顯得特別艱。這次交手，宗次郎除了使出天劍之外，還展現了他另一項天賦本事"縮地"，速度之快使得劍心續被他砍傷兩次。後來宗次郎憶起劍心在新月村之戰對尖角手下留情之事，劍心的"不殺"理念使得他開始質疑志志雄教他的"弱肉強食"法則，情緒開始產生動搖…。 |
| 第五十五幕 | 暴風夜的慘劇‧宗次郎的過去 |
| 宗次郎是小老婆所生的孩子，父親去世後將他交給正室的兒子扶養。那時宗次郎還小，受盡了同父異母的兄嫂家人的虐待，於是他學會了用笑容來保護自己，不管受到什麼虐待總是笑咪咪的。後來他遇見了逃亡中的志志雄，讓他躲在家中的倉庫裡，志雄點醒他"弱肉強食"的道理，並且把自己的劍送給他。一天兄嫂家人發現宗次郎窩藏人犯，竟然決定殺掉宗次郎，宗次郎為了自衛殺光了兄嫂一家人，深深體會到"強者生存，弱者滅亡"的道理，從此跟隨在志志雄的身邊。 |
| 第五十六幕 | 極限的對決！瞬天殺對天翔龍閃 |
| 宗次郎一直相信志志雄"強者生存，弱者滅亡"的論調，如今面對劍心堅持"不殺"的原則，以及”劍是用來保護弱者”的論調時，感到不解與不滿。為了尋求答案，宗次郎決定使出他的絕招”瞬天殺”，劍心無奈之下也只好使出”天翔龍閃”，最後劍心贏了宗次郎，但並沒有殺了他。於是宗次郎找出了答案，認為劍心是對的，志志雄是錯的。然而劍心告訴他，贏的人、也就是強者不一定就是對的，弱者也不一定就是錯的，自己人生的真理要靠自己去尋找。宗次郎聽了劍心這番話，決心離開志志雄，獨自尋找自己人生的信念。贏了宗次郎之後，劍心終於面對志志雄真實。 |
| 第五十七幕 | 衝越幕末的二人‧志志雄與劍心最終對戰 |
| 緋村劍心與志志雄真實之戰終於開始。同樣曾經馳騁幕末時代的兩個人，擁有著同樣殺手"千人斬"的過去，揮動著同一個刀匠打造的劍，而內心卻完全不同，劍心的劍在於保護弱小，志志雄的劍在於弱肉強食。為了阻止志志雄繼續殘害弱小，劍心決定傾出全力阻止他，第一招劍心使"龍翔閃"，被志志雄輕易地化解，因為志志雄在新月村一戰已經見識過這一招。接著志志雄用魔手擎住劍心的頭蓋骨，咬住他的頸部…。 |
| 第五十八幕 | 時代會選擇志志雄嗎？劍心最大的危機！ |
| 劍心在連戰蒼紫與宗次郎之後，體力大量消耗，跟志志雄幾招過下來明顯不是志志雄的對手，後來終於被志志雄的"貳之祕劍‧紅蓮腕"擊倒，昏死在地。接著齊藤一出現，負傷跟志志雄過招，也敗在志志雄手下。左之助為報劍心之仇，使出"雙重之極致"，打算與志志雄同歸於盡，卻也被志志雄一掌擊倒。就在志志雄享受勝利的滋味，準備一準備一劍送這些人歸西之際，四乃森蒼紫出現了…。 |
| 第五十九幕 | 命運尚未終結‧鬥智再度復甦！ |
| 劍心、左之助、齊藤連續被打敗後，四乃森蒼紫負傷挑戰志志雄，使使出他的絕招御庭番式小太刀二刀流”回天劍舞‧六連”，然因負傷體力不夠，依然不是志志雄的對手。然而聰明如志志雄也看出蒼紫冒死一博只是在拖延時間，希望劍心能夠醒過來，而劍心在強韌的求生意志下終於不負所望地甦醒了。甦醒後的劍心拖著滿身重創身子，奮力連續擊出五招飛天御劍流，其中的九頭龍閃擊中了志志雄，把在場的人嚇得木瞪口呆。可是志志雄卻沒有因此倒下，反而準備擊出他的”終極祕劍‧火產神靈”，劍心自然必須對以"天翔龍閃"，然而以劍心滿身創痍的身子，他有辦法完整使出這一招精髓嗎？ |
| 第六十幕 | 容許勝利的人‧志志雄與劍心決戰落幕！ |
| 志志雄真實對緋村劍心，"飛天御劍流精義天翔龍閃"對”終極祕劍‧火產靈神”，劍心終於打敗了志志雄。然而志志雄不肯服輸，撐著火熱的身體繼續想向劍心挑戰，卻被由美擋了下來。由美告訴劍心，志志雄的身體因為全身燒傷的後遺症，所有的排汗組織完全壞死，體內宿著異常的高溫，只能打鬥十五分鐘，然而十五分鐘早就超過，由美擔心志志雄的身體會產生不堪設想的後果，求劍心就此罷手。劍心見由美如此為所愛之人著想，也準備就此罷手，不料卑鄙志志雄竟然一劍刺穿由美、刺進劍心的體內。劍心十分氣憤想把他殺了，奈何身體已經不聽使喚。最後志志雄繼續運功，高溫導致人體發火把自己燒死，劍心贏得最後的勝利。 |
| 第六十一幕 | 殘留的十本刀‧為生存而做的選擇！ |
| 劍心終於打敗志志雄，帶著垂死的重傷回到葵屋，小薰立即捎信給東京的小惠，小惠也立即趕到京都為劍心療傷。一個月之後，劍心的傷勢已無大礙，一天十本刀的獵刀張又找上劍心等人，使得眾人十分緊張，以為又有一場打鬥。原來，被捕的獵刀張和政府私下交換條件，成為警視廳的密探，此趟前來的目的是十本刀眾人的近況告訴劍心等人。六個被捕的十本刀有五個跟政府交換條件，為政府工作贖罪換回自由，安慈卻堅持受刑，必須坐二十五年的牢，方治在監獄裡自殺，宗次郎跟夷腕坊行蹤不明。劍心肯定志志雄為理念而戰的想法，劍心等人也同樣為理念而戰，然而"弱肉強食"的理念是絕對錯誤的，這種時代也不該存在。 |
| 第六十二幕 | 京都...由鑲在腦海裡的回憶...再出發 |
| 劍心傷勢痊癒後，一群人準備返回東京。小惠特地把小薰叫出去，將劍心的身體狀況告訴她，雖然這次把命撿回來了，如果再有類似的打鬥，下次喪命可能不稀奇了，小薰聽了十分震驚，決意要堅強起來當劍心最有力的求生支柱。離開京都之前，劍心到一處墳前獻花悼祭，墓碑上沒有刻名字，只知是十年前認識的人，師父比古清十郎隨後也出現在墳前，鼓勵劍心拋掉過去，迎接未來更美好的人生。另一方面，被大家認為葬身志志雄巢穴的齊藤，卻安然無恙地活著，等著有一天跟劍心了結幕末未完的決鬥。 |
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